دخلت الكنيسة الكاثوليكية اليابان أولاً في القرن السادس عشر عبر اليسوعيين بقيادة فرانسيس كسافييه، وحققت انتشاراً سريعاً بين بعض الساموراي والدايميّو وعامة الناس بفضل البعثات التبشيرية والتعليمية والخيرية. تلا ذلك رد فعل سلطي أدى إلى حظر الكاثوليكية في عصر حكم شوغونية توكوغاوا، فشهدت اليابان موجات من الاضطهاد والاعتقال والاستشهاد، كما اضطر كثيرون إلى ممارسة الإيمان سراً مكوّنين جماعات المسيحيين السريين المعروفة باسم «كاكورِيه كيريشيتان». مع نهاية العزلة وإعادة الانفتاح في العصر الحديث عادت البعثات الكاثوليكية فتأسست كنائس ومؤسسات تعليمية وصحية، وأصبحت الكنيسة الكاثوليكية اليوم طائفة صغيرة ضمن المجتمع الياباني تتميز بتاريخ طويل من الانتشار ثم التضييق ثم البقاء والتكيّف.