تأسست جامعة "بالاكي" في مدينة أولوموتس عام ١٥٧٣ بهدف الإسهام في إعادة تنصير الأراضي التشيكية التي كانت ذات غالبية بروتستانتية إلى الكاثوليكية، وجاء إنشاؤها في سياق الجهود الدينية والسياسية التي شهدتها المنطقة آنذاك. وقد ارتبطت الجامعة منذ بداياتها بدور تعليمي وديني واضح، جعلها إحدى المؤسسات الأكاديمية القديمة ذات الصلة المباشرة بتاريخ التحولات المذهبية في بوهيميا.