تشمل الآثار الصحية الطويلة للفيضانات أمراضًا تنقلها المياه الملوثة، مثل التيفود والملاريا، إلى جانب الإصابات الناتجة عن انهيار المباني. وقد تشمل الإصابات الجروح وبتر الأطراف وإعاقات جسدية أخرى، فتستمر تبعات الفيضانات على المتضررين بعد انتهاء الخطر المباشر وانحسار المياه.