يواجه النيلان الأزرق والأبيض في السودان تحديات بيئية، أبرزها ظاهرة الهدام التي تؤدي إلى تجريف الأرض وهدمها على الضفاف بفعل ضربات الأمواج. كما يهددهما الجفاف الناتج عن قلة الأمطار وتغير المناخ، بما يزيد الضغط على الأراضي والمجتمعات المرتبطة بمياههما ومواردهما.