التزامر الفراغي ظاهرة كيميائية يكون فيها للجزيئات الصيغة والترابط نفسيهما لكن يختلف ترتيب الذرات في الفراغ. يظهر ذلك في حالات مثل التزامر المقرون والمفروق حول الروابط الثنائية، وفي المتقابلات الضوئية التي قد تختلف آثارها الحيوية رغم تشابه تركيبها العام. تؤثر هذه الفروق في الخواص الفيزيائية والكيميائية والدوائية، وقد تجعل أحد المتزامرات نافعاً والآخر غير فعال أو ضاراً. يمثل التزامر الفراغي دليلاً على أن شكل الجزيء في الفراغ لا يقل أهمية عن تركيبه.