تُذكر أن مجزرة كنيسة في سوآي بإقليم تيمور الشرقية تسببت في مقتل ما يصل إلى ٢٠٠ شخص في السادس من سبتمبر ١٩٩٩، وتُعد هذه الأحداث جزءًا من موجة عنف واسعة اندلعت في تيمور الشرقية عقب استفتاء الاستقلال عام ١٩٩٩ والتي شهدت هجمات استهدفت مدنيين ومرافق مدنية أدت إلى سقوط مئات الضحايا وتهجير أعداد كبيرة من السكان.