تُعرف طريقة التلوين السالبة باسم التلوين الذي لا يستهدف الخلايا نفسها بل يستغل تلطيخ الخلفية المحيطة بها، فتصبح الخلايا أو الهياكل الدقيقة مُضادّة للسواد وتبدو شفافة أو فاتحة أمام خلفية داكنة. تعتمد هذه الطريقة على أصباغ سالبة الشحنة مثل الحبر الهندي أو النيغروزين التي تُنافِس السطوح الخلوية على الشحنة فيمنع التصاق الصبغة بالغشاء الخلوي، لذا تُحافظ على الشكل والحجم الحقيقي للخلايا وتُبرز تراكيب طفيلية مثل الكبسولات الخارجية دون الحاجة للتثبيت الحراري الذي قد يُشوّه المظهر الميكروسكوبي. تُستعمل التلوينات السالبة على نطاق واسع في مجالات التصوير المجهري للفطريات والبكتيريا والعينات السائلة الحساسة، وتُفضَّل عندما يكون الهدف دراسة المحيط الخلوي والتراكيب الخارجية بدقّة عالية مع أقل تشويه ممكن للعينة.