رفع سياسيون ماليزيون شعار "ماليزيا الماليزية" للدعوة إلى دولة تقوم المواطنة فيها على المساواة أكثر من الامتيازات العرقية. أثار الشعار صدامًا مع تيارات تؤكد المكانة الخاصة للملايو، ووُصف بعض مؤيديه بالخيانة أو التطرف السياسي، ما يعكس حساسية قضايا الهوية والعرق في بناء الدولة الماليزية. اختُطفت طائرة "الخطوط الجوية الماليزية" في الرحلة ٦٥٣ يوم ٤ ديسمبر ١٩٧٧ ثم تحطمت قرب تانجونغ كوبانغ في ولاية جوهور. قُتل جميع الركاب وأفراد الطاقم البالغ عددهم ١٠٠ شخص، ولم تُحسم هوية الخاطف ودوافعه بصورة نهائية، وكانت أول كارثة جوية قاتلة كبرى للشركة الماليزية. اختفت الرحلة "الخطوط الجوية الماليزية ٣٧٠" في ٨ مارس ٢٠١٤ أثناء توجهها من كوالالمبور إلى بكين وعلى متنها ٢٣٩ شخصًا. أظهرت بيانات الأقمار الصناعية أن الطائرة واصلت الطيران لساعات بعد فقد الاتصال، ورغم عمليات بحث واسعة والعثور على قطع حطام مؤكدة، لم يُعثر على جسم الطائرة الرئيسي حتى الآن. اصطدمت مروحيتان تابعتان لـ"البحرية الملكية الماليزية" في الجو فوق قاعدة لوموت بولاية بيراك يوم ٢٣ أبريل ٢٠٢٤ أثناء تدريب على عرض عسكري. سقطت الطائرتان وقُتل جميع أفراد الطاقمين العشرة. كان التدريب استعدادًا للاحتفال بالذكرى التسعين لتأسيس البحرية، وفتحت السلطات تحقيقًا لتحديد أسباب الاصطدام. أُسقطت طائرة "الخطوط الجوية الماليزية" الرحلة ١٧ فوق شرق أوكرانيا في ١٧ يوليو ٢٠١٤ أثناء رحلتها من أمستردام إلى كوالالمبور، وقُتل جميع الأشخاص البالغ عددهم ٢٩٨ على متنها. خلص تحقيق دولي إلى أن الطائرة أصابها صاروخ "بوك" أُطلق من منطقة كانت تسيطر عليها قوات انفصالية موالية لروسيا.