بدأ جيش الغرب بقيادة أنصار "إيشيدا ميتسوناري" حصار قلعة فوشيمي سنة ١٦٠٠، حيث دافع "توري موتوتادا" بحامية صغيرة موالية لـ"توكوغاوا إياسو". صمد المدافعون أيامًا قبل سقوط القلعة، وأتاح تأخير المهاجمين لإياسو وقتًا ثمينًا قبل معركة سيكيغاهارا الحاسمة. وانتهى الدفاع بمقتل معظم أفراد الحامية. حقق "توكوغاوا إياسو" نصرًا حاسمًا على تحالف منافسيه في "معركة سيكيغاهارا" سنة ١٦٠٠، وهي من أهم المعارك في التاريخ الياباني. أدى الانتصار إلى ترجيح كفة توكوغاوا في الصراع على السلطة، ونال إياسو لقب الشوغون سنة ١٦٠٣، فبدأ حكم شوغونية توكوغاوا الذي استمر أكثر من قرنين ونصف. أُعلنت استعادة الحكم الإمبراطوري في اليابان في ٣ يناير ١٨٦٨، بعدما سيطر تحالف تقوده مقاطعتا "ساتسوما" و"تشوشو" على القصر الإمبراطوري في كيوتو وألغى مؤسسات شوغونية "توكوغاوا". دشّن التحول حكومة الإمبراطور "ميجي"، وأعقبه صراع بوشين الذي حسم سقوط النظام العسكري القديم. بدأ عهد الإمبراطور الياباني "غو يوزي" في ١٧ ديسمبر ١٥٨٦ خلفًا للإمبراطور "أوغيماتشي". امتد حكمه إلى بدايات عصر توكوغاوا وشهد انتقال السلطة السياسية من "تويوتومي هيديوشي" إلى "توكوغاوا إياسو"، بينما بقي الدور الإمبراطوري رمزيًا إلى حد بعيد في كيوتو. واستمر حكمه حتى سنة ١٦١١. استولت قوات موالية للإمبراطور "غو دايغو" سنة ١٣٣٣ على مواقع أسرة هوجو في كاماكورا بعد حصار ومعارك حاسمة. انتحر "هوجو تاكاتوكي" وعدد من أفراد أسرته، وانتهى بذلك حكم شوغونية كاماكورا. حاول الإمبراطور بعدها استعادة الحكم المباشر، لكن الصراع قاد سريعًا إلى ظهور شوغونية أشيكاغا.