يعد تصنيف ببغاء الأمازون أصفر التاج من أكثر مسائل تصنيف الببغاوات تعقيدًا. تعامل بعض المراجع مجموعته نوعًا واحدًا واسع الانتشار، بينما فصلت مراجع أخرى منها الأمازون أصفر الرأس وأصفر القفا كنوعين مستقلين. وأظهرت الدراسات الجينية سلالات متعددة، لكنها لم تحسم جميع الحدود التصنيفية بينها.