نفذت السلطات السوفيتية موجات ترحيل قسري من إستونيا بعد احتلالها، وكان أكبرها في يونيو ١٩٤١ ومارس ١٩٤٩. نُقل أكثر من عشرة آلاف شخص في الموجة الأولى وأكثر من عشرين ألفًا في الثانية إلى مناطق نائية من الاتحاد السوفيتي، خصوصًا سيبيريا، وشملت العمليات نساءً وأطفالًا ومسنين.