انتهت المرحلة الرئيسية من "تمرد مات صالح" في شمال بورنيو عام ١٩٠٠ بعد مقتل زعيمه "داتو محمد صالح" في هجوم على معقله في تامبونان. كان التمرد قد استهدف إدارة "شركة شمال بورنيو البريطانية" وضرائبها وتوسعها المحلي، واستمر في صور متفرقة بعد موته قبل أن تفرض الشركة سيطرتها على المنطقة. نزلت القوات الأسترالية في خليج بروناي سنة ١٩٤٥ ضمن حملة بورنيو في المرحلة الأخيرة من الحرب العالمية الثانية. استهدفت العملية طرد القوات اليابانية وتأمين الموانئ وحقول النفط، وتقدمت الوحدات لاحقًا في بروناي وشمال بورنيو ضمن جهود الحلفاء لتحرير المناطق المحتلة في جنوب شرق آسيا. في ٢٤ ديسمبر ١٩٤١ استولت القوات اليابانية على كوتشينغ في سراوق بجزيرة بورنيو خلال التوسع السريع لليابان في جنوب شرق آسيا. جاء سقوط المدينة بعد إنزال بحري وهجمات جوية، وأتاح لليابان السيطرة على منشآت ومطارات مهمة قبل امتداد الاحتلال إلى مناطق أخرى من بورنيو. دُمّرت سفينة "تونكوين" التابعة لشركة الفراء الباسيفيكية سنة ١٨١١ قرب جزيرة فانكوفر بعد صدام مع جماعة من شعب تلا-أو-كي-آت. وتشير الروايات إلى أن أحد الناجين فجّر مخزن البارود بعدما صعد مهاجمون إلى السفينة، فقتل الانفجار عددًا كبيرًا منهم وأنهى رحلة السفينة التجارية. هاجمت القوات اليابانية جزيرة تاراكان في جزر الهند الشرقية الهولندية يوم ١١ يناير ١٩٤٢ للسيطرة على حقول النفط والمطار ذي الأهمية الاستراتيجية. قاومت الحامية الهولندية قبل أن تستسلم في اليوم التالي، وأصبحت الجزيرة إحدى أولى مناطق بورنيو التي احتلتها اليابان خلال حملة جنوب شرق آسيا.