الموانئ الواقعة عند طرفي قناة بنما ليست هي القناة نفسها، وقد تديرها شركات تجارية بموجب امتيازات منفصلة عن هيئة القناة. لهذا فإن ملكية شركة أجنبية أو تشغيلها محطة حاويات قرب بالبوا أو كريستوبال لا يعني امتلاك القناة أو التحكم القانوني في السماح للسفن بعبورها.