شهدت بازيليكا القديس يوحنا اللاتراني عمليات إعادة بناء وترميم متعددة بعد الحرائق والزلازل والتدهور. وفي القرن السابع عشر كلف البابا إنوسنت العاشر المعماري فرانشيسكو بوروميني بإعادة تنظيم داخلها مع الحفاظ على البنية الأساسية ذات الأروقة، فظهر الطابع الباروكي الذي يميز كثيرًا من مساحاتها الحالية.