تقل فاعلية معقم اليدين عندما تكون اليدان متسختين أو دهنيتين بوضوح، كما أنه لا يزيل بعض المواد الكيميائية والجراثيم بالكفاءة نفسها التي يحققها الغسل بالماء والصابون. لذلك يكون الغسل الخيار الأنسب بعد التعامل مع الأوساخ الظاهرة أو الطعام النيئ أو في الحالات التي تتطلب إزالة الملوثات فعليًّا.