لا توجد قاعدة صحية تقول إن الاستخدام المعتاد لمعقم اليدين الكحولي يضعف مناعة الإنسان أو يجعل الجسم غير قادر على مقاومة الجراثيم. ويختلف ذلك عن مشكلة مقاومة المضادات الحيوية؛ فالمعقمات الكحولية تعمل بآليات واسعة على أغشية وبروتينات الميكروبات، ولا تُستخدم لعلاج العدوى داخل الجسم.