تعرض كنيس جوبر لأضرار جسيمة خلال الحرب السورية الأخيرة، وطالت معالمه أعمال تدمير ونهب أدت إلى فقدان أجزاء واسعة من قيمته التاريخية. ومع ذلك، ظل الكنيس رمزًا دينيًا وتاريخيًا يعكس حضور اليهود في دمشق عبر قرون، وشاهدًا على تنوع المدينة الثقافي والديني.