يختلف التهاب الأمعاء المزمن عن القولون العصبي؛ فالقولون العصبي قد يسبب ألمًا وانتفاخًا واضطرابًا في الإخراج، لكنه لا يُعرف بوجود التهاب مزمن أو تقرحات. ويؤدي هذا الاختلاف إلى تباين التشخيص والعلاج بين الحالتين، رغم احتمال تشابه بعض الأعراض الظاهرة لدى المصابين بهما.