تشمل أعراض التهاب الأمعاء المزمن الإسهال، والألم أو التقلصات المتكررة في البطن، والنزف الشرجي أو ظهور الدم في البراز، والإرهاق الشديد، ونقص الوزن. وقد تظهر أيضًا رغبة ملحة في دخول الحمام أو مخاط مع البراز، مع اختلاف شدة الأعراض بين المرضى وفترات ظهورها.