انتهت "معركة جاوة" في مارس ١٩٤٢ باستسلام القوات المتحالفة في جزر الهند الشرقية الهولندية أمام القوات اليابانية. جاءت الهزيمة بعد انهيار قيادة أمريكية بريطانية هولندية أسترالية مشتركة كانت تحاول وقف التقدم الياباني، ومهّدت لاحتلال اليابان لمعظم الأرخبيل الإندونيسي حتى عام ١٩٤٥. ضرب زلزال جزيرة أمبون في جزر الملوك سنة ١٦٧٤، وتبعه تسونامي شديد يُعتقد أن انهيارًا أرضيًا بحريًا ساهم في تضخيمه. تشير المصادر التاريخية إلى أن ارتفاع الموجة بلغ محليًا عشرات الأمتار وربما نحو ١٠٠ متر في بعض المواضع، وأن الكارثة أودت بحياة أكثر من ألفي شخص. استولت القوات اليابانية على باتافيا، جاكرتا الحالية، في مارس ١٩٤٢ خلال غزو جزر الهند الشرقية الهولندية. كانت القوات الهولندية والأسترالية قد انسحبت نحو مواقع داخلية، فدخلها اليابانيون دون مقاومة كبيرة. مثّل سقوط العاصمة خطوة حاسمة في انهيار السيطرة الهولندية على الأرخبيل خلال الحرب العالمية الثانية. أرسلت شركة الهند الشرقية البريطانية خلال الحرب الأنجلو-هولندية الرابعة سفنًا من قاعدة "فورت مارلبورو" في سومطرة لمهاجمة مراكز تجارية هولندية على الساحل الغربي للجزيرة. استهدفت العمليات منشآت تابعة لشركة الهند الشرقية الهولندية، وكانت جزءًا من صراع بحري وتجاري عالمي بين القوتين. هاجمت القوات اليابانية جزيرة تاراكان في جزر الهند الشرقية الهولندية يوم ١١ يناير ١٩٤٢ للسيطرة على حقول النفط والمطار ذي الأهمية الاستراتيجية. قاومت الحامية الهولندية قبل أن تستسلم في اليوم التالي، وأصبحت الجزيرة إحدى أولى مناطق بورنيو التي احتلتها اليابان خلال حملة جنوب شرق آسيا.