ابن يونس المصري نشأ في أسرة اشتهرت بالعلم؛ فكان والده من كبار المحدثين والحفاظ، ونُسب إليه تأليف تاريخ لمصر رجع إليه العلماء. وفرت هذه البيئة لابن يونس صلة مبكرة بالمعرفة والكتابة، قبل أن يركز جهده على الفلك والرياضيات والرصد والحساب في مصر الفاطمية.