الازدحام الجزيئي يعني أن الخلية مكتظة بالبروتينات والأحماض النووية وجزيئات أخرى، فلا تتحرك المواد كما لو كانت في محلول مخبري مخفف. يمكن لهذا الازدحام أن يغير سرعة التفاعلات واستقرار البروتينات وارتباط الجزيئات، لذلك قد تختلف النتائج داخل الخلية عن أنبوب الاختبار.