خلال الحرب العالمية الثانية ترك بعض طلاب جامعة سان دييغو الحكومية دراستهم للالتحاق بالقوات المسلحة الأمريكية. شارك بعضهم في عمليات قتالية بارزة، ومنها غارة دوليتل على اليابان، ما ربط تاريخ الجامعة مباشرة بتعبئة المجتمع الأمريكي الواسعة خلال الحرب وسجلت الجامعة أسماء طلاب خدموا في تلك المرحلة.

من الدفتر
نُظمت في سان دييغو عام ١٩٧٠ فعالية مصغرة لعشاق القصص المصورة عُرفت باسم "غولدن ستيت كوميك مينيكون"، ومهدت للمؤتمر الأكبر الذي أقيم لاحقًا في العام نفسه. تطورت الفعالية إلى "كوميك كون سان دييغو"، أحد أشهر ملتقيات القصص المصورة والسينما والألعاب والثقافة الشعبية في العالم. أسس الراهب الفرنسيسكاني "خونيبيرو سيرا" بعثة "سان دييغو دي ألكالا" سنة ١٧٦٩، لتكون أول بعثة إسبانية دائمة في كاليفورنيا العليا. أصبحت نواة للاستيطان الإسباني في المنطقة وتطورت حولها لاحقًا مدينة سان دييغو، وسط تاريخ معقد شمل إخضاع السكان الأصليين والتبشير بينهم. وصل المستكشف "خوان رودريغيز كابريو" سنة ١٥٤٢ إلى خليج سان دييغو خلال رحلة بحرية انطلقت من الساحل الغربي للمكسيك لخدمة التاج الإسباني. تُعد الرحلة أول بعثة أوروبية موثقة تصل إلى الساحل الغربي لما أصبح لاحقًا الولايات المتحدة، وواصلت بعدها استكشاف ساحل كاليفورنيا شمالًا. في آخر موسم مكتمل من دوري غاولِيغا بومرن خلال ١٩٤٣ و١٩٤٤، كانت سبعة من أندية البطولة الاثني عشر مرتبطة بالقوات المسلحة الألمانية: خمسة بالقوات الجوية وواحد بالبحرية وواحد بالجيش. يعكس ذلك التأثير العميق للحرب العالمية الثانية في بنية المنافسات الرياضية الألمانية. أقر مجلس مدينة سان دييغو في ٨ يناير ١٩١٢ مرسومًا قيّد إلقاء الخطب والغناء في مناطق محددة من وسط المدينة. أثار القرار احتجاجات قادها أعضاء من "عمال الصناعة في العالم" ونقابيون واشتراكيون، وتحوّل النزاع إلى أشهر معارك حرية التعبير في تاريخ المدينة، وشهد اعتقالات وعنفًا استمر عدة أشهر.