قد تؤثر أعمال إنشاء جسر مضيق مسينا في التنوع البيولوجي والممرات البحرية والطيور والكائنات التي تعيش في المنطقة. ولهذا يحذر خبراء وناشطون بيئيون من أن تنفيذ المشروع قد يسبب اضطرابًا في البيئة المحلية، ويطالبون بإيلاء الآثار المحتملة على الحياة البرية والبحرية اهتمامًا أساسيًا.