تواجه البنوك الرقمية صعوبات تحد من الاستفادة منها، أبرزها تعذر إيداع النقد أحيانًا والاعتماد الكامل على الإنترنت، مما يقلل فائدتها في المناطق ضعيفة البنية التحتية. كما تتطلب حماية الحسابات والبيانات استثمارًا مستمرًا في التشفير ومكافحة الاحتيال والهجمات السيبرانية.