لا تكفي الأدلة العلمية المتاحة لإثبات قدرة قهوة الفطر على علاج الأمراض أو تعزيز الذكاء والذاكرة بصورة مؤكدة. وقد يرتبط فطر الشاغا بمخاطر لدى المعرضين لحصوات الكلى بسبب ارتفاع الأوكسالات فيه، كما قد يزيد الريشي خطر النزيف، وقد يتداخل الكورديسيبس مع أدوية خفض السكر ومضادات التخثر. قهوة الفطر مشروب يُحضَّر بخلط القهوة مع مستخلصات فطر عرف الأسد والريشي والشاغا والكورديسيبس. تحتوي منتجات كثيرة منه على كافيين أقل من القهوة العادية، لكن الكمية تختلف باختلاف المنتج. وتضم أنواع الفطر مركبات مثل البيتا غلوكان ومضادات الأكسدة، غير أن وجودها لا يثبت تحقق جميع فوائد الفطر. يُعرف الفطر السام "كليتوسيبي ديلباتا" باسم "فطر التعرق" لاحتوائه على مادة المسكارين التي تنشط الجهاز العصبي نظير الودي. قد يؤدي تناوله إلى تعرق شديد وسيلان اللعاب والدموع وتقلص حدقة العين واضطرابات هضمية وبطء القلب، وقد تتطلب الحالات الشديدة علاجًا طبيًا عاجلًا. يمكن لبعض أنواع فطر "أورانج ويبكاب" امتصاص الزئبق وتراكمه في أنسجتها من التربة المحيطة. تجعل هذه القدرة الفطر مؤشرًا محتملًا على تلوث البيئة بالمعادن الثقيلة، كما تبرز أهمية معرفة نوع الفطر ومصدره قبل التفكير في استهلاكه غذائيًا أو جمعه من مناطق ملوثة. أظهرت دراسة سويدية أن قهوة بعض ماكينات العمل قد تحتوي على مستويات مرتفعة من الكافيستول والكاهويول، وهما مركبان موجودان طبيعيًا في القهوة. وقد يؤدي استهلاك كميات كبيرة منهما بانتظام إلى رفع مستوى الكوليسترول الضار في الدم، مع اختلاف التأثير المحتمل بين الأشخاص.