تحتاج أحواض الأسماك المغلقة إلى ترشيح مناسب لأن الفضلات وبقايا الطعام تتحلل في حجم محدود من الماء، ما قد يؤدي إلى تراكم الأمونيا السامة. تؤدي المرشحات البيولوجية دورًا أساسيًا بتحويل الأمونيا إلى مركبات أقل سمية عبر البكتيريا، بينما تزيل المرشحات الميكانيكية الجسيمات العالقة من الماء.