تميّز ابن النفيس بنقد آراء الأطباء السابقين بدل قبولها لمجرد شهرتها، واعتمد على الملاحظة والتحليل التشريحي والمنطق الطبي في مناقشة وظائف الأعضاء. وكان من أبرز أمثلة استقلاله الفكري رفضه بعض أفكار جالينوس وابن سينا المتعلقة بانتقال الدم داخل القلب، واقتراحه تفسيرًا مختلفًا لمساره.