يعتمد تشخيص التهاب الأمعاء المزمن على مراحل متعددة تشمل دراسة التاريخ المرضي، والفحص السريري، وتحاليل الدم والبراز، ثم إجراء المنظار عند الحاجة. وقد تُؤخذ عينات من الأنسجة لتأكيد التشخيص واستبعاد أمراض أخرى يمكن أن تسبب أعراضًا مشابهة أو تتداخل معها في العلامات السريرية.