يهدف علاج التهاب الأمعاء المزمن إلى تقليل الالتهاب، ومنع النوبات، وإطالة فترات الهدوء. وتشمل الخيارات الأدوية المضادة للالتهاب، والعلاجات المناعية أو البيولوجية، بينما قد تُستخدم الجراحة عند ظهور مضاعفات أو عدم نجاح الأدوية وحدها في السيطرة على المرض والحد من آثاره.