قد يرتبط إهمال التهاب الأمعاء المزمن بمضاعفات تشمل فقر الدم، وسوء التغذية، وتأثر المفاصل أو الجلد أو العينين. كما قد ترتبط بعض الحالات المزمنة الطويلة بزيادة خطر سرطان القولون والمستقيم، ولذلك تظل المتابعة الطبية المنتظمة مهمة لاكتشاف التغيرات ومراقبة تطور الحالة.